O zápis označení usilovali výrobci, Ministerstvo zemědělství České republiky a Úřad průmyslového vlastnictví již od konce roku 2004, kdy byla žádost o zápis podána Evropské komisi. Německo a Rakousko podaly proti této žádosti námitky, které v následujícím dohadovacím řízení nebyly vyřešeny.
Dne 1. 7. 2010 Evropská komise finálně projednala na Stálém výboru pro zeměpisná označení a označení původu návrh nařízení na zapsání označení „Olomoucké tvarůžky“. Členské státy jednoznačně s tímto návrhem nařízení souhlasily a v následném hlasování jej podpořily. Nyní již nic nebrání oficiálnímu zápisu označení „Olomoucké tvarůžky“ do Rejstříku chráněných označení původu a chráněných zeměpisných označení. Uvedené označení vstoupí v platnost dvacet dnů po vyhlášení v Úředním věstníku Evropské unie.